Недостаточное развитие или отсутствие в ряде районов железнодорожных и автомобильных дорог отчасти восполняется водным транспортом. На всю республику приходится два крупных порта - Печорский и Сыктывкарский, которые относятся к Печорскому и Северному речным пароходствам. По берегам судоходных рек расположены многочисленные, но небольшие пристани и причалы. Регулярное пассажирское сообщение существует между Печорой и Нарьян-Маром.